第2军第5师占泰和、吉安，向樟树前进。第14军击溃吉水之敌，向永丰追击。第2军主力在峡江、仁和渡赣江，于十月上旬在新淦地区与直军激战后，占领永泰，继而不战而下樟树、丰城，向南昌推进。在此期间，直军一部进占湖北大冶、鄂城，一部进抵通山、崇阳，威胁武昌。国民革命军前敌指挥部告急。第7军为解其危，采取“围魏救赵”之计，由阳新迅速潜入赣北，威胁九江、德安，迫直军西进之师东调，在箬溪地区全歼直军谢师后，于10月3日进至南浔铁路中段德安地区，遭直军4个旅抗击，经激战毙俘敌各千余人，占领德安。孙大帅急调南昌、九江和已进入鄂东南的部队反击。第7军被迫撤至箬溪，稍事休整后，再攻德安，终因孤军无援，于7日撤至德安、箬溪间的罗家铺地区，双方形成对峙。与此同时，位于奉新的第6军和第1军第1师强渡修水河，占领永修，遭由包围，被迫突围转移至永修西北的白槎。第3军经新喻激战后，10月2日在万寿宫地区歼灭直军2000余人。8日进至牛行、乐化地区，又与直军遭遇，鏖战至12日，终因直军不断增援，第3军伤亡甚重，前进受阻。在此不利情况下，蒋司令仍令第2军和第1军第2师于10月11日强攻南昌。由于守军预有准备，凭借坚城深壕死守，并利用夜暗组织反击，攻城部队连攻三日不克，伤亡甚重，被迫于13日撤退 国民革命军总司令部总结三次攻打南昌失利的教训，在于孙大帅军队控制南浔铁路主要干线，便于机动。于是决定集中兵力，先破南浔铁路各要点之敌，尔后再取南昌，并决定从武昌增调第4军入赣作战。国民革命军入赣部队分三路于11月1日开始总攻。右翼军右纵队第14军在第2军配合下，先期于10月20日攻占抚州，切断孙大帅军队入闽通路，从东南向南昌推进。左翼军第7军于11月2日攻占德安，第4军在独立第2师和第7军一部配合下，于3日攻占马回岭后，第4、第7军主力在德安以南的九仙岭击败直军2个师，截断南浔铁路，向永修推进。独立第2师在九江、瑞昌间的晒湖桥歼灭直军1个师，至7日占领九江、瑞昌、湖口和武穴，第6军于11月3日开始向乐化攻击，遭直军多次反击，伤亡甚重，后总预备队第1军第1、第2师赶到，协力攻击，于4日占领乐化、永修。此时，右翼军右纵队第2军主力已由进贤、三江口进逼南昌，右翼军左纵队第3军在第2、第1、第7、第6军各一部配合下，于11月7日占领牛行，继向余干方向追击，在滁槎俘敌15万人。孙大帅见败局已定,乘船逃回南京。南昌守军待援无望，弃城溃逃，被歼万余人。11月8日，国民革命军占领南昌。

孙大帅连遭失败，求援于奉军，联合组成安国军，张大帅任总司令，孙大帅和张宗昌任副司令。计划以奉军一部入河南，促吴大帅反攻湖北；孙大帅反攻江西；张宗昌率直鲁联军接防苏、皖北部,配合反攻鄂、赣。孙大帅收集残部8万余人，部署在沪宁铁路和沪杭铁路沿线及皖南地区，抗击国民革命军的进攻。

为肃清长江下游之敌，国民革命军总司令部于1927年1月上旬决定进军杭州、上海，会攻南京。江右军（由第6、第2军和独立第2师组成）和江左军（由第7、第10、第15军组成）分由赣、鄂沿长江两岸向皖、苏推进，主攻南京。第1、第14、第17、第19军和第26军自赣、闽分路入浙，夺取杭州、上海，助攻南京。第8、第4、第9、第11军由鄂入豫，牵制北面之敌。

1927年1月下旬，东路军第1、第26军在第2军配合下，由浙江衢州向杭州方向发起进攻，在龙游附近击溃直军一部，于二月上旬进占兰溪、金华后，乘胜向淳安、建德、浦江推进。2月11日，在桐庐、诸暨、富阳地区遭直军孟昭月等部4个师抵抗，激战五日，俘敌8000余人，于2月18日占领杭州。此时，共产党为配合国民军进攻上海，发动了第二次工人武装起义，并在共产国际人员指导下进行军事布置，起义得到了广大群众的拥护和支持，在国民军先头部队的配合下，经过浴血奋战，起义取得了胜利。

第14、第17军和第1军一部由闽入浙，相继攻占临海、宁海、宁波、绍兴等地，肃清浙江境内的直军。3月上旬，东路军开始进攻淞、沪，至20日，第14、第17、第2军和第1军一部经太湖以西攻克常州、丹阳等地，截断沪宁铁路；第1军主力和第26军克松隐、松江、吴江、苏州，迫近上海。21日，周恩来等领导上海工人举行第三次武装起义，经过30多个小时激战占领上海。第1军一部乘机进入上海市区。

与此同时，江左军由鄂东向安庆、庐州“挺进。由于直军残部相继起义，3月4日不战而下安庆，至18日进至庐州、六安之线。江右军由江西沿长江南岸东进，相继攻克芜湖、当涂后，3月20日开始总攻南京，经两天激战，扫清江宁镇、秣陵关、龙都等外围据点。23日，第2军进逼中山门、光华门；独立第2师进攻通济门、武定门；第6军进抵雨花台，该军第19师由中华门冲入城内。当晚江右军各部分路进城，占领南京。